เนื่องจาก ทองอยู่ เอี่ยมบุญอิ่ม เคยบวชเป็นพระในพุทธศาสนามาก่อนจึงมีความเข้าใจในประเด็นเกี่ยวกับทางพุทธศาสนา และได้ยื่นกระทู้ถามรัฐบาลในการประชุมสภาผู้แทนราษฎรสมัยสามัญ ครั้งที่ 14/2483 เมื่อวันพฤหัสบดีที่ 19 กันยายน พ.ศ. 2483[3] เกี่ยวกับ พ.ร.บ.คณะสงฆ์ ที่มีความล่าช้าว่า "รัฐบาลนี้ได้จัดการแก้ไขร่างพระราชบัญญัติปกครองคณะสงฆ์ไปแล้วเพียงใด เมื่อไรจะสำเร็จเข้ามาในสภานี้ได้" เนื่องจากเหตุผลของรัฐบาลก็คือ อยู่ในกระบวนการปรับแก้ไขกับคณะสงฆ์ ขณะที่สาเหตุเบื้องหลังนั้นมาจากความละเอียดอ่อนของปัญหาในคณะสงฆ์ที่รัฐบาลไม่กล้าตัดสินใจ โดยเฉพาะเมื่อมีนักการเมืองตัวแทนจากทั้งมหานิกาย คือ หลวงวิจิตรวาทการ อดีตมหาเปรียญ 5 ประโยค สำนักวัดมหาธาตุ ขณะที่ฝ่ายธรรมยุต คือ ทองสืบ ศุภะมาร์ค อดีตมหาเปรียญ 9 ประโยค วัดมกุฏกษัตริยาราม ทั้งคู่จึงออกแรงปกป้องผลประโยชน์ให้กับฝ่ายของตนอย่างเต็มที่ จนในท้ายที่สุด พ.ร.บ.ได้เข้าสู่ระเบียบวาระการประชุมในสภาผู้แทนราษฎรอีกครั้งในปี พ.ศ. 2484 เมื่อวันที่ 18 กันยายน โดย ทองอยู่ เอี่ยมบุญอิ่ม เป็นหนึ่งในคณะกรรมาธิการวิสามัญร่วมกับ หลวงวิจิตรวาทการ และ ทองสืบ ศุภะมาร์ค[4] จนกระทั่งพระราชบัญญัติคณะสงฆ์ พ.ศ. 2484 ได้ถูกประกาศใช้เมื่อวันที่ 14 ตุลาคม 2484 เป็นต้นมา[5][6]